تتميز القهوة بفوائد عديدة، إلا أن بعض العادات الخطأ في تناولها قد تؤثر سلباً على الجسم، أبرزها تناولها بعد الظهر، وهو ما قد يعطل النوم ويؤثر على المناعة والتركيز، وتناول القهوة غير المفلترة كالتركية أو "الفرينش بريس" لما لها من دور محتمل في رفع الكوليسترول الضار.
ويحذر خبراء من الإفراط في إضافة السكر؛ لارتباطه بالسمنة وارتفاع ضغط الدم والسكري، مع تجنب شرب القهوة مبكراً لتأثيرها على إيقاع الجسم الطبيعي، مؤكدين أن استخدامها كبديل للوجبات غير صحي؛ لافتقارها للعناصر الغذائية الأساسية.